飞船驾驶的核心挑战首先体现在操作系统的复杂性上。游戏采用真实物理引擎模拟太空环境，玩家需要同时控制方向推进器、曲率引擎和武器系统，而这三者在高速机动时会相互影响。例如进行急转弯时若未调整推进器功率分配，可能导致舰船失控旋转。战斗中还涉及能量管理，护盾、武器和引擎共享同一能量池，过度使用某一系统会削弱其他功能。这种多系统协同操作要求玩家具备较强的多任务处理能力。
飞船类型的选择直接决定了驾驶体验的差异。轻型护卫舰机动性强但火力薄弱，适合执行侦察任务却难以正面作战；战列巡洋舰拥有厚重装甲和强大火力，但转向迟缓容易成为导弹靶子。游戏内设有的12种基础舰型各自拥有独特的操控特性，玩家需要根据任务需求在机动性与生存能力之间寻找平衡点。部分高级舰船需要完成特定科技研究才能解锁，这要求玩家在游戏前期就要规划好发展路线。
小行星带会阻碍航行并造成碰撞伤害，而辐射区则会干扰舰船传感器。某些特殊星域存在引力异常现象，可能导致曲率引擎失效。玩家需要实时分析星图数据，预判环境变化并提前调整航线和动力配置。在资源匮乏区域，燃料储备管理也至关重要，计算失误可能导致舰队被困在深空。
战斗系统中的目标锁定机制颇具挑战性。面对多目标时，武器系统不会自动分配火力，需要手动指定攻击优先级。导弹类武器存在飞行时间和拦截可能，必须计算提前量。护盾有方向性保护，被集中攻击时需及时调整舰船姿态。这些设定都要求玩家在高速战斗中保持高度专注，并快速做出战术决策。某些特殊武器能穿透护盾直接损伤舰体，这进一步增加了防御的复杂性。
玩家可以同时控制多艘舰船组成编队，但每艘船都需要单独设置行动指令。增援舰队不会自动加入战斗序列，必须手动调整阵型。工程船在执行采集任务时若遭遇袭击，需要立即中断作业投入防御。这些设定使得大规模舰队作战变得极具挑战性，稍有不慎就会导致战术配合失误。
后期游戏内容引入了更高级的驾驶机制。旗舰特殊技能需要消耗稀有资源激活，使用时机直接影响战局。部分改装组件会改变舰船操控特性，比如增强推进器会导致能量消耗加剧。星系间跃迁存在冷却时间，不当的跳跃安排可能延误战机。这些进阶内容要求玩家在掌握基础操作后，还要深入理解游戏的各种隐藏机制。
