飞船的操控并不算特别复杂，但需要玩家掌握一定的策略和操作逻辑。游戏提供了多种指令系统，包括调动、行动、建造、采集、对接、驻守和增援等，这些指令构成了飞船操控的核心框架。玩家需要通过计划圈来规划行动范围，所有操作都必须在计划圈内完成，因此合理放置计划圈是关键。策略值的限制也要求玩家谨慎分配行动，避免浪费。飞船的移动方式分为常规航行和曲率航行，后者速度更快但需要满足特定条件，例如目标计划圈内已有我方单位或建筑。
飞船的战斗力提升依赖于蓝图强化，包括武器、护甲、动力和能源等模块的升级。技术值是强化的核心资源，可通过击败敌人、完成任务或开箱获取。不同类型的飞船定位不同，轻型护卫舰机动性强，适合新手快速上手，而重型战舰则需要更精细的操控和资源支持。工程船专注于资源采集，其效率受蓝图研究和技能强化的影响，玩家需优先升级采集加速和仓储容量。战斗舰船的搭配需要考虑火力、耐久和抵抗伤害等属性，合理的编组能显著提升实战表现。
金属、晶体和重氢是基础资源，初期需重点采集金属和晶体，中后期则需平衡重氢的储备。工程船的分配尤为关键，建议初期以采集船为主，后期逐步替换为高级型号。资源点有采集上限，玩家需定期检查工程船状态，避免因敌对攻击导致损失。计划圈的数量和策略值的恢复速度限制了行动频率，因此高效利用每一次操作是进阶玩家的必备技巧。
飞船操控的难度取决于玩家对游戏机制的理解程度。虽然初期可能需要适应指令系统和资源分配，但通过逐步积累经验，大多数玩家能够熟练掌握。社交玩法如联盟协作和舰队增援也能降低单人挑战的难度。游戏的核心乐趣在于策略布局而非操作复杂度，因此耐心和规划比快速反应更重要。
